당시 송시열 등 서인(西人)은 《경국대전》에 의거하여 맏아들과 중자(衆子)의 구별 없이 조대비는 기년복(朞年服:1年喪)을 입어야 한다고 건의하여 그대로 시행되었다.
그러나 실은 의례(儀禮) 주소(註疏)에 의거하여 효종이 체이부정(體而不正), 즉 아들이기는 하지만 맏아들이 아닌 서자에 해당된다고 해석하여 기년복을 주장하였던 것이다.
이에 대하여 그는 효종이 왕위를 계승하였고 또 종묘의 제사를 주재하여 사실상 맏아들노릇을 하였기 때문에 어머니의 맏아들에 대한 복으로서 자최삼년(齊衰三年)을 입어야 한다고 주장하였다.
이러한 복제논쟁의 시비로 정계가 소란하여지자 왕은 그를 삼척부사로 임명하였다. 여기서 그는 향약을 만들어 교화에 힘썼으며, 《척주지 陟州誌》를 편찬하는 한편, 《정체전중설 正體傳重說》을 지어 삼년설을 이론적으로 뒷받침하였다.
1674년 효종 비 인선왕후(仁宣王后)가 죽자 조대비의 복제문제가 다시 제기되었다. 조정에서는 대공(大功)으로 9개월복을 정하였으나 대구유생 도신징(都愼徵)의 상소로 다시 기해복제가 거론되었다.
《경국대전》에 의하면 맏아들·중자의 구별이 없이 부모는 아들을 위하여 기년복을 입는다고 규정하였으나 며느리의 경우 맏며느리는 기년, 중자처는 대공으로 구별하여 규정하였다.
그런데 인선왕후에게 대공복(大功服)을 적용함은 중자처(衆子妻)로 대우함이고, 따라서 효종을 중자로 보기 때문이었으며 이에 대한 근거는 《경국대전》이 아니라 고례(古禮)의 체이부정설이었다.
이는 효종의 복제와 모순되는 것으로서 새로이 즉위한 왕, 즉 숙종의 노여움을 사게 되었고, 기해복제가 잘못이라 판정되어 송시열 등 서인은 몰리게 되고 그의 견해가 옳았다고 인정되어 대공복을 기년복으로 고치게 되었다. 이로써 서인은 실각하고 남인의 집권과 더불어 그는 대사헌에 임명되었으나 사직소를 올렸고, 병이 나자 숙종은 어의를 보내어 간호하기까지 하였다.